只是这些大大的府县城池基本都已经被叛军攻破，城中居民早已被叛军驱赶屠杀一空，既无战果又无补给，大军行动十分艰难。
吴襄无奈之下只好暂缓进军，等待后方的补给。
此时吴襄的前锋已经到达潍县城下，便要求潍县为他们提供军粮补给。
潍县经历了叛军长达一年多的围城，虽然有互助会的支援，城中的存粮也已经见底，城中居民只剩两千多人，城外的村庄更是被叛军全部焚毁，哪里能够拿得出来补给给他们？见这些官军来势汹汹，冯对立面县令便命人闭门不纳，只城中物资已尽。
潍县在叛军面前坚守一年多，与高密县并列未被叛军攻陷的两个县城。此时叛军退去，已经将战果上报，吴襄也不敢在此时攻击县城，也只好弃城而走，最后被自卫队二营拦截在了潍县以东的潍河边上。
二营在逼走了张焘部叛军之后，便接到章泽天的命令，后退至潍河一线驻防，目的就是阻止官军通过潍河。
因为买马和女真首级之事，吴襄也算是跟自卫队打过交道，对自卫队不无忌惮，见自卫队隔河而守，他们一时也不敢强行渡河，两军便在这里僵持起来。
话章泽天最终还是将驻守青岛的卫戍营抽调了一半人马北上，替换了被充作战兵使用的辎重营。
此时的潍县战役已经雷声大雨点地结束了，莱州的防守也就不再那么重要。卫戍营北上的三个连便东进黄县与一营汇合，推进到了登州城下。炮营则分出一个连的三十门野战炮支援二营建立潍河防线，主力则随一营一起到达了登州城下。
登州是叛军的大本营，由耿仲明带人把守。此时耿仲明虽然不清楚孔有德与张焘的情况，但是可以肯定黄县已经被自卫队夺取，到现在孔有德也没有反攻黄县，自卫队反倒逼到了登州城下，孔有德与张焘等人估计已经凶多吉少了。
叛军死守登州，一直把登州作为最后的段，就是因为这里有登州水营，有大量的战船可以让他们在陆地上失败之后出海逃走。
不过令耿仲明绝望的是，在自卫队从陆地逼近到登州城下的次日，自卫队的四艘远洋战舰和近十艘武装福船就封锁了登州港口。
这些战舰并不是老老实实地守住港口不让他们出海，而是在第一时间逼近水城，并且炮击了水城。大量的开花弹将城上的火炮在很短时间内就全部摧毁，彻底断绝了他们逃走的希望。
然后，更令他们绝望的事情发生了，自卫队从陆地上运来了一百多门火炮，布置在了登州城外，瞄准了登州城。自卫队的火炮射程比叛军引以为傲的大将军炮远得多，一旦开战他们没有丝毫还之力。
稍作思量之后，耿仲明便知道事不可为，直接派人出城联络了自卫队的指挥官林二，在得到安全保证之后投降了。
投降叛军总共000人被自卫队直接装船运到济州岛上的战俘营进行甄别改造，每人被判处了一年到三年不等的劳动改造。
除了叛军之外，登州城里还有被叛军抓来做工的上万名平民，以及几千名女子。这些人有些是原本登州城内的居民，更多的则是来自周边乡镇。
叛军肆虐的这一年多时间里，占领区里面的平民基本都已经被清空。章泽天估计，由于叛军作乱直接或间接死亡的可能有近百万人甚至更多，原本人烟比较稠密的山东半岛北部已经基本成为一片千里无鸡鸣的不毛之地。
当然这些人并不是都死掉了，更多的人还是逃亡到了其他地区。光是互助会的控制区内，就先后接收到了50万以上的难民。
互助会动用了自己的全部运力，将其中的20万人运到了海外，主要还是集中在济州岛上。依章泽天的意思，这些移民的大部分最终将被运到北方的几处基地和台南地区，只是目前受限于运力不足，只能让他们暂时在济州岛上安身了。
现在从登州城里接收到的这些平民之后，问了他们的意见。这些人多数都已经一无所有，即使回乡也没有办法活下去，多数都愿意听从互助会的安排。
那些女子更是没有地方可去，而且多数人都希望能够离开这片让她们伤心的土地，最后也被互助会送到了海外。
孙元化被叛军抓住之后，一直被软禁在巡抚衙门的一个院子里面，倒是没有受到什么虐待，忠于他的十几个亲兵家丁之中，除了在叛乱当天被杀了几个之外，包括孙文起在内的九个人也都被软禁在一起。叛军投降了之后，他们被耿仲明移交给了自卫队。
当这些人被送到即墨的时候，章泽天亲自到铁路车站迎接了他们。
孙元化穿着一身青布襕衫，打扮得就像一个乡村老儒，见到章泽天之后惟有拱无言。
章泽天问起他今后的打算时，孙元化也不知如何是好。此番兵变，他作为叛军的主官，责任无可推卸，如果回到京城的话，肯定会被朝廷问罪，后果难以预料。
按照文朝的惯例，遇到乱兵、叛军、外敌入侵等事件时，地方官不允许逃跑，也不允许出现被俘之类的事件，能够做的只有当场战死或者自杀，否则便会因为“失土”的罪名受到处罚，最轻也会是罢职为民。
在这次事件之中，叛乱的都是孙元化自己下的兵，他这个主管领导在任何朝代也无法置身事外。他是天主教徒，按照教规不能自杀，便加重了他的罪责，回到京城之后若能够只得一个斩首的处置，都算是好运了。
对于孙元化在这件事里面的责任问题，章泽天不想管。他只是可惜孙元化在数学和自然科学中的本领。这人本来可以成为一个优秀的科学家的，结果阴差阳错地做了一个官员，一个将军，还要为此承担责任，这不是浪费人才吗？
正是因此，章泽天对孙元化郑重地提出了邀请：“孙先生，不如你就留在我们这里吧。在这里，你可以放心地进行你喜欢的数学或其他学问的研究，也不用担心朝廷的追究，而且你的家人在松江老家也不会受到影响，如何？”
孙元化犹豫了很久，无奈道：“我相信你能做到这一点，但我毕竟是大文的官员，却不能背叛朝廷。在孔有德兵变之事上，我的做法虽然不会被朝廷认可，但我自己问心无愧。如果你为我而反，却有违我忠于大文的本心了。”
章泽天道：“我们互助会也是忠于朝廷的啊，我们同样会为保卫大文不惜此身，却不会任由朝堂上那些贪腐官僚为我们打造的愚忠的镣铐所束缚。你明白我的意思吗？我们也许会在某些时候反抗官府的一些做法，但绝对不会举起造反的旗帜，我们始终会是大文朝的子民。”
听到章泽天不会选择的承诺，孙元化思虑再三，最终还是决定留在青岛，没有回京城去送死，有活着的会，总比就这样没有什么意义地死掉强。